Terdapat beberapa bentuk penghargaan dan apresiasi lainnya yang diperoleh KPPBC Tipe Madya Cukai Kudus yang patut menjadi contoh bagi Kantor Bea dan Cukai lainnya, antara lain:
| 2009 | Piagam Penghargaan sebagai Satker dengan Laporan Keuangan Terbaik antar KPPBC Tipe Madya |
| Piagam Penghargaan sebagai Satker yang melakukan Penindakan Pelanggaran di Bidang Kepabeanan dan Cukai dengan Jumlah Penindakan Terbanyak | |
| Piagam Penghargaan sebagai pengelola terbaik SAI antar KPPBC Tipe Madya | |
| 2010 | Peringkat Pertama Seleksi Kantor Pelayanan Percontohan Tingkat DJBC |
| Pemenang Pertama Kantor Pelayanan Percontohan Tingkat Kementerian Keuangan | |
| Piagam Penghargaan atas Penyajian Hasil Terbaik Rekonsiliasi Penerimaan dan Piutang DJBC | |
| 2012 | Sertifikat ISO 9001:2008 Â Terkait Pelayanan Pemesanan Pita Cukai (CK-1) |
| 2013 | Piagam Penghargaan atas Partisipasi Mengikuti Penilaian Kinerja Pelayanan Publik Tingkat Nasional |
| Cerficate of Merit dari World Customs Organization WCO (Organisasi Kepabeanan Dunia) | |
| 2014 | Piagam Penghargaan Kementerian PAN-RB atas Kantor Berpredikat sebagai Unit Kerja yang Berkategori Wilayah Bebas dari Korupsi (WBK) |
| 2017 | Penghargaan Pengisian Aplikasi Penindakan Tercepat 2017 |
| Penghargaan Gemar Menyidik Terbanyak 2017 | |
| 2018 | Kantor Dengan Jumlah Penyidikaan Terbanyak 2018 |
| Kantor Dengan Jumlah Peningkatan Penyidikaan Terbanyak 2018 | |
| Kantor Dengan Jumlah Penyidikaan Hasil Tembakau Terbanyak 2018 | |
| Sertifikat SNI ISO 9001:2015 Terkait Pelayanan Pemesanan Pita Cukai (CK-1) | |
| 2020 | Piagam Penghargaan Kementerian PAN-RB atas Kantor Berpredikat sebagai Unit Kerja yang Berkategori Wilayah Birokrasi Bersih Melayani (WBBM) |
| Satker Terbaik Penilaian Kinerja Pelaksanaan Anggaran Triwulan III 2020 Kategori Pagu Anggaran 5-20 Miliar | |
| 2021 | Juara Kategori Kualitas Utilisasi dan Optimalisasi BMN Klasterisasi Satker Besar dalam BMN Award Kementerian Keuangan 2021 |
| Juara 3 Lomba Optimalisasi BMN Terindikasi Idle Bea Cukai 2021 |
